NGS ứng dụng giải mã bộ gen Covid19

Feb 24, 2020 | genetics | 0 comments

Ngày 30 tháng 1 năm 2020 – Giải trình tự thế hệ tiếp theo (Next Generation Sequencing – NGS) gồm 10 bộ gen của coronavirus mới (2019-nCoV) từ chín bệnh nhân ở Trung Quốc đã chứng minh rằng virut này có liên quan chặt chẽ với hai loại coronavirus có nguồn gốc từ dơi, nhưng một vật chủ trung gian có thể là chịu trách nhiệm về sự lây lan sang người, theo một nghiên cứu được công bố trên Lancet vào ngày 29 tháng 1.

Vào cuối tháng 12 năm 2019, một số bệnh nhân được xác định bị viêm phổi do virus liên quan đến chợ hải sản Hoa Nam ở Vũ Hán, Trung Quốc. Tính đến ngày 30 tháng 1, Trung Quốc đã báo cáo hơn 8.200 trường hợp nghi ngờ 2019n-CoV với 170 trường hợp tử vong. Hiểu được nguồn gốc của virus này và tiến hành giám sát liên tục sự lây lan của nó là điều cần thiết để ngăn chặn sự bùng phát hơn nữa và bảo vệ sức khỏe cộng đồng.

Các nhà khoa học đã sử dụng trình tự thế hệ tiếp theo của dịch phế quản và phân lập nuôi cấy để xác định 2019-nCoV ở cả chín bệnh nhân. Kết quả là, họ mô tả đặc điểm bộ gen của 10 bộ gen của virus mới, tiết lộ thông tin quan trọng về nguồn gốc và cơ chế của virus.

Các nhà nghiên cứu đã tiến hành phân tích phylogenic của 2019-nCoV được giải trình tự từ các bệnh nhân và phát hiện ra rằng virus thuộc về thế hệ con Sarbecovirus. Điều thú vị là, 2019-nCoV có liên quan chặt chẽ hơn với hai chủng coronavirus có nguồn gốc từ dơi là bat-SL-CoVZC45 và bat-SL-CoVZXC21 (chia sẻ danh tính trình tự 88%), so với các loại coronavirus gây bệnh ở người, bao gồm cả các loại virus gây bệnh cấp tính hội chứng hô hấp (SARS) bùng phát năm 2003 (chỉ chia sẻ 79%) hoặc bùng phát hội chứng hô hấp Trung Đông (MERS) năm 2013 (chia sẻ khoảng 50%).

Mô hình hóa phân tử đã được sử dụng để hiểu ràng buộc thụ thể của 2019-nCoV so với SARS-CoV và MERS-CoV. Sự tương đồng về cấu trúc giữa SARS-CoV và 2019-nCoV chỉ ra rằng họ có thể sử dụng cùng một thụ thể, enzyme chuyển đổi angiotensin 2 (ACE2).

Với việc giải trình tự được genome của 2019-nCoV là một kho dữ liệu quý giá để các nhà khoa học có căn cứ tìm ra cách điều trị và vắc xin cho loại virus này.

Nhìn chung, sự xuất hiện của NGS đã cho phép các nhà khoa học nghiên cứu về các hệ thống sinh học ở mức độ chưa từng đạt được từ trước tới nay. Cùng với sự phát triển của công nghệ, các phương thức chuẩn bị mẫu và công cụ phân tích dữ liệu cũng được tăng cường mạnh mẽ. Do đó, NGS đã trở thành công nghệ chủ chốt trong nghiên cứu cơ bản và nhanh chóng trở thành công cụ cho mọi nghiên cứu về di truyền học và các nghiên cứu liên quan khác.

Lược dịch: The Lancet

Theo dõi
Thông báo về
guest
0 Comments
Inline Feedbacks
View all comments

19008043