XÉT NGHIỆM VÀ PHÂN TÍCH MẪU ADN

Phương pháp thực hiện

Phòng thí nghiệm sẽ phân tích một tập hợp các biến thể (đã được xác định lâm sàng trước) trong các gen cụ thể liên quan đến các đặc điểm và tính trạng của bạn. Mẫu DNA của bạn được xử lý bởi phòng thí nghiệm đối tác của chúng tôi – Gene by Gene – một phòng thí nghiệm lâm sàng được công nhận bởi College of American Pathologists (CAP) và được chứng nhận theo Sửa đổi cải tiến phòng thí nghiệm lâm sàng (CLIA) để thực hiện các xét nghiệm có độ phức tạp cao. DNA được chuẩn bị theo thông số kỹ thuật của Illumina cho chip tùy chỉnh Global Screening Array (GSA). Con chip này được quét trên Nền tảng iScan của Illumina, và dữ liệu được phân tích bằng Genome Studio v2.0.4 và bản dựng bộ gen GRCh37. Báo cáo kết quả được hoàn thành bằng cách sử dụng cơ sở dữ liệu và thuật toán độc quyền của GenebyGene. Các biến thể gây bệnh liên quan đến tăng nguy cơ được xác nhận bằng trình tự Sanger.
Sitragene và GenebyGene thực hiện một số biện pháp bảo vệ để tránh các lỗi kỹ thuật. Các biện pháp kiểm soát chất lượng này bao gồm, nhưng không giới hạn ở việc quét mã vạch trong suốt quá trình trích xuất và định kiểu DNA, xác thực tỷ lệ chọn mẫu tối thiểu, xác thực giới tính DNA và xác thực theo lô ở nhiều cấp độ. Do sự phức tạp của xét nghiệm di truyền, các lỗi, mặc dù cực kỳ hiếm gặp, có thể xảy ra do trộn mẫu, nhiễm DNA hoặc các lỗi vận hành trong phòng thí nghiệm khác.

Các biến thể được phân loại theo các tiêu chuẩn và hướng dẫn của Trường Đại học Y khoa Di truyền và Di truyền học Hoa Kỳ (ACMG). Phân loại biến thể gây bệnh có thể được cập nhật theo thời gian khi có thêm thông tin liên quan đến ý nghĩa lâm sàng của chúng.
Tất cả các ước tính rủi ro là gần đúng và dựa trên các nghiên cứu khoa học đã được công bố. Những nghiên cứu này đã xác định mối liên quan giữa các biến thể cụ thể và tăng nguy cơ đối với một số tình trạng sức khỏe. Các nghiên cứu lâm sàng thường được thực hiện trên một bộ phận dân số và có thể không đại diện chính xác cho dân số nói chung.

Giải thích và ước tính rủi ro

Các vấn đề cơ bản về Giải mã ADN

ADN là gì?
ADN (deoxyribonucleic acid) được tìm thấy trong các tế bào của cơ thể con người, nó chứa đựng mật mã di truyền và các phân tử ADN được truyền qua nhiều thế hệ trong một gia đình. 
 
Cấu trúc phân tử ADN giống như một thang xoắn được làm bằng hai sợi, được biết đến như là một  ‘hình xoắn’. Những sợi của DNA chứa các thông tin dưới hình thức một mã số, lần lượt xác định đặc điểm của mỗi cá nhân và đặc điểm của cơ thể mỗi người. Có bốn loại khối xây dựng lên ADN (A, T, G, C) và trật tự của chúng  là mã di truyền của con người.
 
Một nửa của ADN của một người được thừa hưởng từ mẹ, và một nửa là thừa kế từ người cha. Tuy nhiên, trong khi dấu vân tay không có giá trị cho thiết lập các mối quan hệ gia đình, các mật mã di truyền chứa trong chuỗi ADN lại có giá trị cho việc thiết lập mối quan hệ gia đình, bởi vì chúng được thừa hưởng từ thế hệ trước.
 
Khái niệm và cấu trúc của gen

Gen là 1 đoạn phân tử ADN mang thông tin mã hoá cho một sản phầm xác định (1 chuỗi pôlipeptit hay một phân tử ARN).

Có nhiều loại như gen cấu trúc, gen điều hoà …

– Gen cấu trúc là gen mang thông tin mã hoá cho các sản phẩm tạo nên thành phần cấu trúc hay chức năng tế bào.

– Gen điều hoà  là những gen tạo ra sản phẩm kiểm soát hoạt động của các gen khác

Mã di truyền là trình tự sắp xếp các nuclêôtit trong gen (trong mạch khuôn) quy định trình tự sắp xếp các axit amin trong prôtêin

– Trong ADN chỉ có 4 loại nu (A, T, G, X) nhưng trong prôtêin có khoảng 20 loại axit amin. Do đó mã di truyền phải là mã bộ ba (còn gọi là codon).

– Mã di truyền gồm: bộ 3 mã gốc trên ADN, bộ 3 mã sao trên mARN và bộ 3 đối mã trên tARN. Ví dụ: mã gốc là 3’-TAX…-5’ tương ứng mã sao là: 5’-AUG…-3’ và mã đối mã là: UAX tương ứng axit amin được quy định là Met.

Phương pháp ghi nhận kiểu gen
Hệ thống máy tính xác định kiểu gen thông qua phát hiện các đa hình nucleotide đơn (SNPs). SNP là một vị trí (còn gọi là “điểm đánh dấu”) của ADN trong bộ gen – đã được chứng minh là có sự khác biệt giữa mọi người trên cơ sở ADN. Có bốn cơ sở DNA: adenine (A), thymine (T), guanine (G) và cytosine (C). Vì vậy, ví dụ, tại cùng một vị trí gen, bạn có thể có C và người khác có thể có T. Những khác biệt cơ sở DNA này được gọi là “biến thể”.
Đối với hầu hết các SNP, hệ thống sẽ ghi tên điểm đánh dấu (thường là số rsID hoặc số ID nội bộ), vị trí gen chính xác của nó, các biến thể có thể có tại điểm đánh dấu đó (A, T, G hoặc C) và các biến thể cụ thể bạn có, tức là kiểu gen của bạn. Bởi vì bạn có hai bộ nhiễm sắc thể – một từ mẹ và một từ bố – bạn thường có hai biến thể ở mọi vị trí và kiểu gen của bạn sẽ được báo cáo là một cặp biến thể, ví dụ: “G / A.”
Trong một số trường hợp, kiểu gen của bạn sẽ được ghi nhận là một biến thể duy nhất vì không phải tất cả ADN đều được di truyền theo cặp nhiễm sắc thể, ví dụ, ADN ty thể và, đối với hầu hết các nhiễm sắc thể X và Y ở nam giới).
Đôi khi một số SNP có thể được ghi nhận dưới dạng chèn hoặc xóa (-) các cơ sở DNA thay vì chỉ là một cặp biến thể đơn giản. Tùy thuộc vào vị trí bộ gen, việc chèn hoặc xóa có thể đại diện cho phiên bản điển hình của SNP. Nói cách khác, có một số điểm đánh dấu trong đó có thêm một cơ sở (chèn) là biến thể điển hình và có một xóa là biến thể ít phổ biến hơn. Ngược lại, có một số vị trí trong bộ gen hiếm khi xảy ra sự chèn, tạo nên việc xóa biến thể điển hình tại vị trí đó.
Bộ Gen tham chiếu

Các kết quả của Sitragene chỉ ra các vị trí SNP (đa hình đơn nucleotide) và các cơ sở ADN dựa trên bộ gen tham chiếu của con người NCBI (một phiên bản chuẩn của trình tự nucleotide của bộ gen người). Cả dữ liệu thô, cũng như các tính năng và báo cáo của trang web, hiện đang sử dụng bộ gen người GRCh37 (bản dựng 37).

ADN bao gồm hai sợi bổ sung cho nhau. Cơ sở ADN “A” luôn ghép với “T” và “G” luôn luôn ghép với “C” trên hai chuỗi này. Một chuỗi được gọi là chuỗi dương (+) và chuỗi còn lại được gọi là chuỗi âm (-).
Các kiểu gen được hiển thị trên trang web Sitragene, bao gồm trong tính năng Dữ liệu thô, luôn đề cập đến chuỗi (+) tích cực trên bản dựng 37 của bộ gen tham chiếu của con người.
Xin lưu ý rằng các trang web hoặc ấn phẩm khác đôi khi có thể đề cập đến chuỗi tiêu cực khi báo cáo kiểu gen. Nếu các kiểu gen có thể được báo cáo bởi Sitragene và một nguồn khác không khớp, có khả năng chúng đang đề cập đến các chuỗi ADN bổ sung chứ không phải là cùng một chuỗi. Ví dụ: Sitragene có thể báo cáo rằng SNP có hai phiên bản G và A. Nhưng các nguồn khác có thể báo cáo rằng các phiên bản cho SNP đó là C và T. Cả hai cách báo cáo SNP đều đúng, vì G được ghép nối với C trên dải đối diện và A được ghép với T.

Dữ liệu thô do Sitragene cung cấp đã trải qua đánh giá chất lượng chung, tuy nhiên chỉ có một tập hợp các điểm đánh dấu được xác nhận riêng cho độ chính xác. Dữ liệu từ Sitragene chỉ phù hợp cho mục đích tham khảo thông tin và không sử dụng cho mục đích y tế, chẩn đoán hoặc sử dụng khác.